Vorgeschichte und Gründungsidee
Als Inhaber des Lehrstuhls für Psychosomatik und Psychotherapie und Direktor der entsprechenden Klinik der Leipziger Universität hatte Prof. Michael Geyer bereits 1990 das Sächsische Institut für Psychoanalyse und Psychotherapie und den Sächischen Weiterbildungskreis für Psychotherapie, Psychoanalyse und Psychosomatische Medizin gegründet. In dieser Zeit entstand das Konzept einer Weiterbildungsstätte, in der alle  wissenschaftlichen Verfahren - sowohl die analytisch begründeten Methoden als auch die Verhaltenstherapie -  gleichberechtigt  und in wechselseitiger Verbindung gelehrt werden, sich gegenseitig befruchten und den Studierenden, die das möchten, eine integrative Perspektive angeboten wird. 
Dieser Plan soll mit der Gründung der Akademie für Psychotherapie in Erfurt realisiert werden. Gemeinsam mit Christian Geyer als kaufmännischem Leiter und Organisationschef beginnt 1999 der  Aufbau dieser Ausbildungsstätte, der in mehreren Etappen vonstatten geht. Renate Schilling, Wolfgang Fiedler und Barbara Andrzejak sind die Mitstreiter der ersten Stunde, die als Ausbildungsleiter zunächst in Tiefenpsychologisch-fundierter Psychotherapie für Erwachsene und Kindern tätig werden.  
 
Nach einer 2-jährigen Aufbauphase mit einer kleinen Büroeinheit in der Schottenstraße 22 und Anmietung  von Seminarräumen in bestehenden Bildungseinrichtungen (Ursulinenkloster, Katholisches Krankenhaus u.a.) können 2001 mit der Anmietung einer Etage der Schuhgasse 12 am Erfurter Fischmarkt eigene Seminar- und Behandlungsräume geschaffen werden (neben Hörsaal und Seminarraum auch ein erstes Erwachsenen- und Kinderbehandlungszimmer).
 Aufgrund der hohen Nachfrage werden  bereits 2000 Neuanfänger nicht mehr nur zum Herbstsemester, sondern auch zum Frühjahrssemester immatrikuliert. 
2001 beginnt auch die eigene Behandlungstätigkeit von Kandidaten der AfP in eigenen Räumen auf der Grundlage  einer Ermächtigung der Institutsambulanz durch die Kassenärztliche Vereinigung Thüringen. Wolfgang Fiedler wird Leiter der Institutsambulanz. 
In diesen Jahren werden die Voraussetzungen für die Integration der Verhaltenstherapie und der Analytischen Psychotherapie geschaffen. 
Michael Geyer und Gernot Koch werden 2004 Ausbildungsleiter für Analytische Erwachsenen  und Kinder- und Jugendlichenpsychotherapie.
Stefan Sewtz wird 2006 zum Ausbildungsleiter des Bereichs für Verhaltenstherapie von Erwachsenen  und Kindern berufen.
Die ersten approbierten Absolventen verlassen die AfP und lassen sich als Psychologische Psychotherapeuten und Kinder- und Jugendlichenpsychotherapeuten nieder.
Die Anzahl der Neuimmatrikulierten wächst ständig. Aufgrund der gestiegenen Raumanforderungen werden zusätzlich das 3. OG Fischmarkt 5 (2006) und das 1. OG Fischmarkt 5 (2007) angemietet. Endlich hat die AfP einen großen Hörsaal und insgesamt 20 Therapie- und Behandlungsräume für Erwachsene und Kinder und Jugendliche. 
 

erhält das Curriculum zur Weiterbildung von Sozialtherapeuten im Tätigkeitsfeld Abhängigkeitskrankheiten die Anerkennung der Deutschen Rentenversicherung. Die ersten 20 zukünftigen Suchttherapeuten beginnen ihre Ausbildung. 

Die Ausbildungsteilnehmer drängen auf die Ergänzung der bisherigen ausschließlichen berufsbegleitenden Studiengänge durch eine Vollzeitausbildung, die schließlich  2008 nach entsprechender Erweiterung der Ausbildungskapazitäten beginnt.  Die ursprüngliche Gründungsidee einer stärkeren Integration der Verfahren gewinnt 10 Jahre nach der Gründung der AfP endlich stärkere Bedeutung.
Zum einen besuchen verhaltenstherapeutische und tiefenpsychologische Kandidaten wechselseitig Lehrveranstaltungen der anderen Verfahren.
Zum anderen realisieren die ersten Approbierten mit Schwerpunkt Tiefenpsychologie auch die Fachkunde in Verhaltenstherapie und umgekehrt erwerben Verhaltenstherapeuten die tiefenpsychologische und psychoanalytische  Fachkunde.

muss die räumliche Kapazität nochmals um ca. 200 qm im 3. OG Fischmarkt 5 erweitert werden. Erforderlich waren zusätzliche Kapazitäten in der Behandlung von Kindern und Jugendlichen (2 Räume) und für den Raumbedarf insbesondere der verhaltenstherapeutischen Module.